Quels sont les meilleurs logiciels de facture électronique en 2026 ? Top 8

Depuis le 1er septembre 2026, il est obligatoire pour de nombreuses entreprises d’utiliser un logiciel de facturation électronique pour être en conformité avec la réforme. Par « logiciel de facturation électronique », on entend en réalité une Plateforme Agréée ou une Solution Compatible certifiée. Ce type d’outil vous permettra de créer et revoir vos factures dans les formats électroniques officiels, de les transmettre automatiquement à vos clients ET à l’administration fiscale, puis de suivre leur statut en temps réel (envoyée/reçue/payée/en retard). Mais alors, quel est le meilleur logiciel de facturation électronique en 2026 ? Découvrez notre top 8 dans cet article et tous nos conseils pour faire le bon choix ! 

Qu’est-ce qu’un logiciel de facturation électronique ?

L’obligation de la facturation électronique ne doit pas être vue comme une punition : au contraire, c’est une formidable opportunité pour gagner du temps sur vos tâches administratives et donc consacrer vos efforts à d’autres tâches.

Qui est concerné ?

Absolument toutes les entreprises françaises assujéties à la TVA et travaillant avec d’autres entreprises (ce qu’on appelle le B2B) sont concernées : auto-entrepreneur, artisan, PME du BTP ou grande entreprise.

L’objectif de cette réforme est principalement de lutter contre la fraude à la TVA et de simplifier les démarches administratives. Pour cela, un calendrier de déploiement a été mis en place : 

• 1er septembre 2026 : vous devez maintenant pouvoir recevoir des factures électroniques, que vous ayez 1 salarié ou 150. Si vous êtes une grande entreprise, vous devez aussi commencer à émettre vos factures électroniquement.
• 1er septembre 2027 : c’est à cette date que toutes les entreprises devront obligatoirement émettre leurs factures au format électronique (PME et auto-entrepreneur, c’est donc à ce moment que vous êtes concernés) et se soumettre à l’e-reporting.

Quelles sont les solutions certifiées ?

Pour répondre à votre obligation de facture électronique, il vous faudra passer par une Plateforme Agréée (PA), ou une Solution Compatible (SC) qui se connecte à une plateforme agréée :

1. Plateforme Agréée (PA): anciennement appelée Plateforme de Dématérialisation Partenaire, c’est une solution immatriculé par l’État à la transmission des factures électroniques et des données de facturation à l’administration fiscale. Retrouvez ici la list des plateformes agréées.
2. Solution Compatible (SC) : c’est un logiciel certifié qui permet de créer ses factures dans les formats officiels et connecté à une plateforme agréée via laquelle il transmet les documents et informations qu’elle achemine ensuite à l’Etat.

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Quels sont les meilleurs logiciels pour gérer la facture électronique en entreprise ? Top 8 en 2026 

Maintenant que nous avons pris le temps de rappeler quelques bases, passons à ce qui nous intéresse : la comparaison des logiciels de facturation électronique ! Vous trouverez ci-dessous une sélection de 8 outils, pour tous les besoins et toutes les bourses.

Logiciel de facturation électronique pour les artisans et TPE/PME du bâtiment : Obat

Si vous êtes artisan ou gérez une TPE ou PME dans le bâtiment, vous pouvez vous tourner vers le logiciel de facturation électronique btp Obat. Contrairement aux outils généralistes, ce logiciel intègre nativement toutes les spécificités du bâtiment : situations de travaux, acompte, chiffrage de devis à la voix, coordination avec vos sous-traitants (entre autres)…

Du devis initial jusqu’à l’encaissement final, cette solution de facture électronique bâtiment vous permet de créer vos devis/factures en quelques clics seulement grâce à une bibliothèque de + de 30 000 ouvrages préenregistrés. Et niveau conformité, aucun problème : Obat s’appuie sur son partenaire Iopole, une Plateforme Agréée par l’administration fiscale. 

Vous êtes artisan et vous vous demandez si vous êtes concerné par la réforme ? Faites notre quiz pour le savoir en quelques secondes !

Les logiciels de facturation électronique gratuits

Henrri

On commence avec un logiciel de facturation électronique gratuit : Henrri. Certifié comme Solution Compatible, c’est un outil conçu spécialement pour les petites structures ou associations. Son atout ? Une version 100 % gratuite qui ne bride pas le nombre de factures émises ! Il vous permet : 

• d’élaborer vos devis et factures en illimité ;
• de piloter vos encaissements en temps réel ;
• de recevoir des alertes avant vos échéances ;
• de gérer vos acomptes ; 
• de tenir votre registre des ventes. 

Puisqu’il s’adresse à des structures avec des petits besoins, cet outil de facture électronique est donc volontairement sans fonctionnalités superflues. On apprécie son interface épurée et dernier avantage notable : Henrri répond parfaitement aux exigences spécifiques des associations. 

Facture.net

Autre Solution Compatible à la facturation électronique gratuite, Facture.net. Idéal pour les micro-entreprises et les TPE, ce logiciel en ligne transmet automatiquement vos documents au format électronique réglementaire (Factur-X, UBL, CII). Et ils s’engagent à maintenir leur politique zéro frais, même après la réforme 2026.

Au quotidien, vous pouvez concevoir et personnaliser vos devis et factures sans limitation, orchestrer vos relances d’impayés de manière automatisée ou encore monitorer vos flux financiers. Vous bénéficiez également d’un CRM incorporé pour piloter vos opportunités commerciales et vos données sont hébergées en France.  

A lire également : Facture dématérialisée : les 3 formats à connaître

Outil de dématérialisation pour freelances et indépendants : Tiime

Autre logiciel compatible à la facturation électronique : Tiime, qui fait partie des plateformes agréée (PA) par l’administration fiscale. Côté fournisseurs comme côté client, l’outil se veut très complet : 

• réception instantanée des factures ;
• alertes en cas d’anomalie ;
• paiement en un clic ; 
• récupération de TVA ; 
• création de documents au format Factur-X ;
• rapprochement bancaire automatisé.

Mais Tiime va au-delà de la simple facturation dématérialisée : le logiciel met à votre disposition des outils comptables intégrés, avec des tableaux de bord pour piloter votre activité et des fonctionnalités collaboratives pour votre expert-comptable ! Le forfait Business démarre à 22,99 € HT/mois (accès multi-utilisateurs compris).

Logiciels de facture électronique pour les TPE/PME

Sellsy

Adepte des outils cocorico ? Sellsy s’impose comme une plateforme agréée 100 % française. Dès 39 € par mois, vous accédez à un écosystème complet qui inclut facturation, CRM, pilotage de trésorerie et marketing.

Ce logiciel certifié de facturation électronique vous délivre donc toutes les fonctionnalités d’un outil de facturation, mais pas que : il vous donne aussi la possibilité de convertir vos propositions commerciales en documents de vente, de consulter l’historique détaillé de vos clients ou encore de superviser vos marges. Sans oublier les fonctionnalités incontournables de rapprochement bancaire et de signature électronique ! 

Et point bonus : récemment, le logiciel a lancé Sellsy Automatisations. C’est un module qui se charge de toutes vos tâches répétitives (relances, emails, suivi ou transformation de devis) en quelques clics. 

Qonto

Vous connaissez peut être déjà Qonto pour sa solution de compte bancaire professionnel permettant de gérer simplement les finances de son entreprise. Saviez-vous que cet établissement de paiement français, garanti par le Crédit Mutuel Arkéa, proposez aussi un outil de facturation électronique ?

Avec Qonto, qui est une Plateforme Agréée par l’Etat, vous pourrez éditer, recevoir et envoyer un nombre illimité de factures de façon 100% conforme à la nouvelle réforme. En plus de cela, la néobanque offre la possibilité de suivre le statut de ses documents et s’intègre avec votre logiciel comptable pour accélérer votre pré-comptabilité.

Si vous souhaitez bénéficiez des services bancaires, comptez un tarif 9 € HT/mois pour le combo compte pro et outil de facturation. Notez toutefois qu’il est possible d’accéder gratuitement à la création de facture, sans souscription au compte bancaire : un bon moyen de tester avant de s’engager.

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Les solutions logicielles dématérialisées pour les grandes entreprises

Sage FRP 1000

Sage est un acteur historique dans le domaine de la gestion d’entreprise. Depuis des années, ils proposent des solutions adaptées à toutes les tailles de structures, du petit artisan jusqu’aux grands groupes internationaux. Plateforme Agréée, le logiciel est en conformité totale avec la réforme. Le gros avantage ? Sage FRP 1000 est une suite complète qui rassemble et centralise : 

• votre comptabilité ;
• la gestion de votre trésorerie ;
• vos achats ;
• vos ventes ; 
• et même votre pilotage budgétaire. 

Esker

Vous travaillez avec des clients ou fournisseurs à l’étranger ? Dans ce cas, Esker se distingue par son expertise internationale : en effet, cette plateforme est capable de garantir votre conformité dans plus de 60 pays (répartis en Europe, en Amérique et en Asie) !

Comment ça fonctionne ? Esker gère automatiquement les formats structurés reconnus mondialement (Factur-X, PEPPOL, UBL, UN/CEFACT CII) et s’intègre naturellement à la majorité des ERP du marché (par exemple SAP, Oracle ou Microsoft Dynamics 365). De votre côté, vous centralisez ainsi tous vos flux de facturation sur une seule interface.

Les avantages sont nombreux en termes de gain de temps et de transparence financière.  Fort de 40 ans d’expérience, ce logiciel de facturation électronique accompagne aussi bien aux TPE/PME que les grands groupes internationaux.

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Tableau comparatif des meilleurs logiciels de facture électronique

Logiciel de facturation électronique	Pour qui ?	3 points forts	Prix
Obat	Artisans indépendants et TPE et PME du BTP	Devis vocal par IA Expertise métier  Partenariat avec Iopole	Essai gratuit, puis tarification sur-mesure selon la taille de votre entreprise
Henrri	Structures associatives et micro-organisations	Aucune restriction sur le volume de documents  Simplicité d’usage Spécialisation associative	100 % gratuit
Facture.net	Entrepreneurs individuels, TPE et PME	Gratuité maintenue même au-delà de la réforme 2026 CRM intégré Hébergement sécurisé sur territoire français	100 % gratuit
Qonto	Auto-entrepreneurs, TPE, PME, associations	Compte pro rémunéré Outil de facturation intégré Service de création de société	9€/mois HT
Tiime	Travailleurs indépendants et freelances	Plateforme agréée (PA) Synchronisation transparente avec votre expert-comptable	Dès 22,99 €/mois
Sellsy	TPE et PME	Centralisation intelligente Automatisation poussée Solution 100 % conçue et hébergée en France	À partir de 39 €/mois
Sage FRP 1000	Entreprises structurées et groupes établis	Suite exhaustive pour comptabilité, trésorerie, achats, ventes et pilotage budgétaire Acteur reconnu	Sur devis
Esker	PME exportatrices et multinationales	Transactions internationales Connexion native avec les ERP de référence	Sur devis

Comment choisir son logiciel de facture électronique ? Critères

Nous arrivons à une étape cruciale, et peut-être l’une des plus difficiles : choisir son logiciel de facturation électronique ! Parce que, comme tout bon outil, il doit convenir à VOTRE usage quotidien et VOS besoins. Voici 6 grandes questions à vous poser pour faire le meilleur choix : 

1. Le logiciel est-il adapté à mon statut juridique ? Certaines plateformes sont spécifiquement pensées pour les micro-entrepreneurs, tandis que d’autres s’adressent aux sociétés commerciales (SARL, SAS, EURL). 
2. De quelles fonctionnalités ais-je absolument besoin ? Cherchez-vous à émettre des factures conformes ou un véritable hub de gestion ? Avez-vous besoin de créer des devis en illimité ? D’automatiser vos relances de paiement ? De consulter des tableaux de bord analytiques ? 
3. Le modèle tarifaire est-il cohérent avec mon budget ? Ne vous arrêtez pas au prix d’affichage ! Regardez ce qui est réellement compris dans chaque formule, les frais cachés (oui, il y en a parfois !) ou le coût si vous ajoutez un collaborateur.
4. Le service client sera-t-il là quand j’en aurai besoin ? Vous verrez que ça peut faire une grande différence durant la phase de démarrage ou face à une difficulté. Vérifiez que vous pouvez contacter l’assistance par téléphone ou chat en direct, sur des horaires assez étendus.
5. Vais-je comprendre ce logiciel ? Vous devez être capable de le prendre en main, même sans bagage informatique. L’interface doit vous paraître intuitive au premier coup d’œil, les menus logiques. Petit bonus s’il y a des tutoriels ou une aide intégrée ? N’hésitez pas à profiter d’une démonstration gratuite ou d’une période d’essai !
6. Que disent les utilisateurs qui l’utilisent déjà ? Rien ne vaut l’avis des autres chefs d’entreprise. Fouillez Trustpilot, Google Avis ou les forums professionnels. Vous verrez alors si le discours de la marque est cohérent avec les critiques que vous trouvez en ligne.

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Questions fréquentes sur la facturation électronique (FAQ)