Devis & facture

Quels sont les meilleurs logiciel de facture électronique en 2026 ? Top 8

En 2026, l’obligation d’utiliser un logiciel de facturation électronique pour remplacer les factures papier ou PDF se met doucement en place. Mais c’est pour le meilleur, croyez-nous ! Il vous permettra de créer vos factures en quelques clics, de les transmettre automatiquement à vos clients ET aux impôts, puis de suivre leur statut en temps réel (envoyée/reçue/payée/en retard). Mais alors, quel est le meilleur logiciel de facturation électronique ? Découvrez notre top 8 dans cet article et tous nos conseils pour faire le bon choix ! 

L’essentiel à retenir

Deux dates à noter dans votre agenda : septembre 2026 pour recevoir des factures électroniques et septembre 2027 pour les émettre.

Pour vous mettre en conformité, vous devrez utiliser un logiciel de facturation électronique. Bonne nouvelle : il en existe pour tous les budgets, y compris gratuits !

Que vous soyez en freelance, ayez une TPE ou PME dans le bâtiment ou encore une grande entreprise, choisissez une solution certifiée pour faire vos factures électroniques.

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Qu’est-ce qu’un logiciel de facturation électronique ?

L’obligation de la facturation électronique ne doit pas être vue comme une punition : au contraire, c’est une formidable opportunité pour gagner du temps sur vos tâches administratives et donc consacrer vos efforts à d’autres tâches.

Qui est concerné ?

Absolument toutes les entreprises françaises assujéties à la TVA et travaillant avec d’autres entreprises (ce qu’on appelle le B2B) sont concernées : auto-entrepreneur, artisan, PME du BTP ou grande entreprise.

L’objectif de cette réforme est principalement de lutter contre la fraude à la TVA et de simplifier les démarches administratives. Pour cela, un calendrier de déploiement a été mis en place : 

  • Septembre 2026 : vous devez pouvoir recevoir des factures électroniques, que vous ayez 1 salarié ou 150. Si vous êtes une grande entreprise, vous devez aussi commencer à émettre vos factures électroniquement.
  • Septembre 2027 : c’est à cette date que toutes les entreprises devront obligatoirement émettre leurs factures au format électronique (PME et auto-entrepreneur, c’est donc à ce moment que vous êtes concernés) et se soumettre à l’e-reporting.
Bon à savoir

Attention aux idées reçues :

  • « Je suis trop petit, ça ne me concerne pas » : même en auto-entrepreneur avec 20 000 € de CA annuel est concerné s’il facture des entreprises.
  • « J’envoie déjà mes factures par email en PDF » : un PDF classique ne suffit plus ! Il faudra un format structuré (Factur-X, UBL ou CII) transmis par une plateforme agréée.
  • « C’est trop compliqué pour moi/je n’ai pas de budget » : rassurez-vous, les logiciels ont été pensés pour être simples d’utilisation, voire gratuits.

Quelles sont les solutions certifiées ?

Pour répondre à votre obligation de facture électronique, il vous faudra passer par une Plateforme de Dématérialisation Partenaire (PDP) ouun Opérateur de Dématérialisation. Il s’agit d’un service postal agréé pour vos factures numériques, qui se charge de vérifier leur format et de la transmettre à vos clients/aux impôts.

3 solutions s’offrent alors à vous :

  1. Logiciels OD ou PDP « tout-en-un » : vous créez votre facture et le logiciel s’occupe automatiquement de tout le reste. Il faut alors passer par un outil agréé par l’État ou bien partenaire d’une plateforme agréée.
  2. Plateformes PDP agréées : vous créez vos factures dans votre logiciel habituel, puis vous les exportez vers une plateforme externe qui gère uniquement la transmission conforme.
  3. Portail Public de Facturation – Chorus Pro : c’est la plateforme gratuite de l’État pour le traitement des factures dans le secteur public.

A lire également : Facture électronique : tout savoir sur l’obligation d’ici 2027

Quels sont les meilleurs logiciels pour gérer la facture électronique en entreprise ? Top 8 en 2026 

Maintenant que nous avons pris le temps de rappeler quelques bases, passons à ce qui nous intéresse : la comparaison des logiciels de facturation électronique ! Vous trouverez ci-dessous une sélection de 8 outils, pour tous les besoins et toutes les bourses.

Logiciel de facturation électronique pour les artisans et TPE/PME du bâtiment : Obat

Vous évoluez dans le bâtiment, l’artisanat ou le second œuvre ? Obat a été spécialement conçu pour vous ! Contrairement aux outils généralistes, le logiciel intègre nativement toutes les spécificités de votre quotidien : situations de travaux progressives, retenues de garantie, décomptes détaillés, coordination avec vos sous-traitants (entre autres).

Du devis initial jusqu’à l’encaissement final, ce logiciel de facturation électronique pour le BTP vous permet de créer vos devis/factures en quelques clics seulement grâce à une bibliothèque d’ouvrages préenregistrés ! Et niveau conformité, aucun problème : Obat s’appuie sur son partenaire Iopole, une plateforme partenaire officiellement agréée par l’administration fiscale. 

Toutes les fonctionnalités sont pensées pour le terrain : vous pouvez par exemple créer vos devis directement à la voix, pratique quand vous êtes sur le chantier ! Il y a même une formation pour découvrir l’outil. Plus de 31 000 professionnels du BTP leur font déjà confiance : vous rejoignez une communauté qui parle votre langage.

Les logiciels de facturation électronique gratuits

Henrri

Premier logiciel de facturation électronique de cette liste : Henrri. C’est un outil conçu spécialement pour les petites structures ou associations. Son atout ? Une version 100 % gratuite qui ne bride pas le nombre de factures émises ! Il vous permet : 

  • d’élaborer vos devis et factures en illimité ;
  • de piloter vos encaissements en temps réel ;
  • de recevoir des alertes avant vos échéances ;
  • de gérer vos acomptes ; 
  • de tenir votre registre des ventes. 

Puisqu’il s’adresse à des structures avec des besoins minimes, cet outil de facture électronique est donc volontairement sans fonctionnalités superflues. On apprécie son interface épurée et dernier avantage notable : Henrri répond parfaitement aux exigences spécifiques des associations. 

Facture.net

Facture.net se positionne comme LA solution entièrement gratuite pour les micro-entreprises, TPE et PME. Et ils s’engagent à maintenir leur politique zéro frais, même après la réforme 2026. Ce logiciel de facturation électronique a d’ailleurs obtenu l’agrément pour être plateforme de dématérialisation partenaire (PDP) intégrée ! L’avantage pour vous ? Elle transmet automatiquement vos documents au format électronique réglementaire (Factur-X, UBL, CII). La conformité fiscale est donc garantie.

Au quotidien, vous pouvez concevoir et personnaliser vos devis et factures sans limitation, orchestrer vos relances d’impayés de manière automatisée ou encore monitorer vos flux financiers. Sans compter que c’est une solution complète : vous bénéficiez également d’un CRM incorporé pour piloter vos opportunités commerciales. Et cerise sur le gâteau : vos données sont hébergées en France

A lire également : Facture dématérialisée : les 3 formats à connaître

Outil de dématérialisation pour freelances et indépendants : Tiime

Autre logiciel compatible en facturation électronique : Tiime. Mais la petite particularité, c’est qu’il prend en charge l’intégralité de votre cycle de facturation : édition, envoi, suivi et archivage. L’outil fait d’ailleurs déjà partie des plateformes agréée (PA) par l’administration fiscale. 

Côté fournisseurs comme côté client, l’outil se veut très complet : 

  • réception instantanée des factures ;
  • alertes en cas d’anomalie ;
  • paiement en un clic ; 
  • récupération de TVA ; 
  • création de documents au format Factur-X ;
  • rapprochement bancaire automatisé.

Mais Tiime va au-delà de la simple facturation dématérialisée : le logiciel met à votre disposition des outils comptables intégrés, avec des tableaux de bord pour piloter votre activité et des fonctionnalités collaboratives pour votre expert-comptable ! Le forfait Business démarre à 22,99 € HT/mois (accès multi-utilisateurs compris).

Logiciels de facture électronique pour les TPE/PME

Sellsy

Adepte des outils cocorico ? Sellsy s’impose comme une plateforme agréée 100 % française. Dès 39 € par mois, vous accédez à un écosystème complet qui unifie facturation, CRM, pilotage de trésorerie et marketing.

Ce logiciel certifié de facturation électronique vous délivre donc toutes les fonctionnalités d’un outil de facturation, mais pas que : il vous donne aussi la possibilité de convertir vos propositions commerciales en documents de vente, de consulter l’historique détaillé de vos clients ou encore de superviser vos marges. Sans oublier les fonctionnalités incontournables de rapprochement bancaire et de signature électronique

Et point bonus : récemment, le logiciel a lancé Sellsy Automatisations. C’est un module qui se charge de toutes vos tâches répétitives (relances, emails, suivi ou transformation de devis) en quelques clics. 

Qonto

Vous connaissez peut être déjà Qonto pour sa solution de compte bancaire professionnel permettant de gérer simplement les finances de son entreprise. Saviez-vous que cet établissement de paiement français, garanti par le Crédit Mutuel Arkéa, proposez aussi un outil de facturation électronique ?

Avec Qonto, qui est une Plateforme Agréée par l’Etat, vous pourrez éditer, recevoir et envoyer un nombre illimité de factures de façon 100% conforme à la nouvelle réforme. En plus de cela, la néobanque offre la possibilité de suivre le statut de ses documents et s’intègre avec votre logiciel comptable pour accélérer votre pré-comptabilité.

Si vous souhaitez bénéficiez des services bancaires, comptez un tarif 9 € HT/mois pour le combo compte pro et outil de facturation. Notez toutefois qu’il est possible d’accéder gratuitement à la création de facture, sans souscription au compte bancaire : un bon moyen de tester avant de s’engager.

A lire également : Les 14 meilleures banques pro en ligne en 2026 | Comparatif

Les solutions logicielles dématérialisées pour les grandes entreprises

Sage FRP 1000

Sage est un acteur historique (et reconnu !) dans le domaine de la gestion d’entreprise. Plus de 3 500 entreprises utilisent déjà cette solution, que l’on sait sécurisée et hébergée en France. Depuis des années, ils proposent des solutions adaptées à toutes les tailles de structures, du petit artisan jusqu’aux grands groupes internationaux. Et la facturation électronique ne fait pas exception ! 

D’ailleurs, le logiciel est déjà en conformité totale avec la réforme. On y retrouve une plateforme de dématérialisation qui reconnaît automatiquement tous les formats officiels (UBL, CII, Factur-X) et communique directement avec le Portail Public de Facturation. 

Le gros avantage ? Sage FRP 1000 est une suite complète qui rassemble et centralise : 

  • votre comptabilité ;
  • la gestion de votre trésorerie ;
  • vos achats ;
  • vos ventes ; 
  • et même votre pilotage budgétaire. 

Esker

Vous travaillez avec des clients ou fournisseurs à l’étranger ? Dans ce cas, Esker se distingue par son expertise internationale : en effet, cette plateforme est capable de garantir votre conformité dansplus de 60 pays (répartis en Europe, en Amérique et en Asie) !

Comment ça fonctionne ? Esker gère automatiquement les formats structurés reconnus mondialement (Factur-X, PEPPOL, UBL, UN/CEFACT CII) et s’intègre naturellement à la majorité des ERP du marché (par exemple SAP, Oracle ou Microsoft Dynamics 365). De votre côté, vous centralisez ainsi tous vos flux de facturation sur une seule interface.

Les avantages sont nombreux en termes de gain de temps et de transparence financière.  Fort de 40 ans d’expérience, ce logiciel de facturation électronique accompagne aussi bien aux TPE/PME que les grands groupes internationaux.

A lire également : Comment relancer efficacement un devis par mail  ?

Tableau comparatif des meilleurs logiciels de facture électronique

Logiciel de facturation électroniquePour qui ?3 points fortsPrix
ObatArtisans indépendants et TPE et PME du BTPDictez vos devis directement depuis le chantier
Expertise métier 
Partenariat avec Iopole
Essai gratuit, puis tarification sur-mesure selon la taille de votre entreprise
Henrri
Structures associatives et micro-organisations
Aucune restriction sur le volume de documents 
Simplicité d’usage
Spécialisation associative 
100 % gratuit
Facture.netEntrepreneurs individuels, TPE et PMEGratuité maintenue même au-delà de la réforme 2026
CRM intégré
Hébergement sécurisé sur territoire français
100 % gratuit
QontoAuto-entrepreneurs, TPE, PME, associationsCompte pro rémunéré
Outil de facturation intégré
Service de création de société
9€/mois HT
TiimeTravailleurs indépendants et freelancesReconnaissance en tant que plateforme agréée (PA)
Vision stratégique
Synchronisation transparente avec votre expert-comptable
Dès 22,99 €/mois
SellsyTPE et PMECentralisation intelligente
Automatisation poussée
Solution 100 % conçue et hébergée en France (souveraineté numérique)
À partir de 39 €/mois
Sage FRP 1000Entreprises structurées et groupes établis Maturité éprouvée
Suite exhaustive pour comptabilité, trésorerie, achats, ventes et pilotage budgétaire
Fiabilité institutionnelle
Sur devis
EskerPME exportatrices et multinationalesRayonnement mondial (+ 60 pays)
Connexion native avec les ERP de référence
Savoir-faire historique 



Sur devis

Comment choisir son logiciel de facture électronique ? Critères

Nous arrivons à une étape cruciale, et peut-être l’une des plus difficiles : choisir son logiciel de facturation électronique ! Parce que, comme tout bon outil, il doit convenir à VOTRE usage quotidien et VOS besoins. Voici 6 grandes questions à vous poser pour faire le meilleur choix : 

  1. Le logiciel est-il adapté à mon statut juridique ? Certaines plateformes sont spécifiquement pensées pour les micro-entrepreneurs, tandis que d’autres s’adressent aux sociétés commerciales (SARL, SAS, EURL). 
  2. De quelles fonctionnalités ais-je absolument besoin ? Cherchez-vous à émettre des factures conformes ou un véritable hub de gestion ? Avez-vous besoin de créer des devis en illimité ? D’automatiser vos relances de paiement ? De consulter des tableaux de bord analytiques ? 
  3. Le modèle tarifaire est-il cohérent avec mon budget ? Ne vous arrêtez pas au prix d’affichage ! Regardez ce qui est réellement compris dans chaque formule, les frais cachés (oui, il y en a parfois !) ou le coût si vous ajoutez un collaborateur.
  4. Le service client sera-t-il là quand j’en aurai besoin ? Vous verrez que ça peut faire une grande différence durant la phase de démarrage ou face à une difficulté. Vérifiez que vous pouvez contacter l’assistance par téléphone ou chat en direct, sur des horaires assez étendus.
  5. Vais-je comprendre ce logiciel ? Vous devez être capable de le prendre en main, même sans bagage informatique. L’interface doit vous paraître intuitive au premier coup d’œil, les menus logiques. Petit bonus s’il y a des tutoriels ou une aide intégrée ? N’hésitez pas à profiter d’une démonstration gratuite ou d’une période d’essai !
  6. Que disent les utilisateurs qui l’utilisent déjà ? Rien ne vaut l’avis des autres chefs d’entreprise. Fouillez Trustpilot, Google Avis ou les forums professionnels. Vous verrez alors si le discours de la marque est cohérent avec les critiques que vous trouvez en ligne.

A lire également : Comment relancer efficacement un devis par mail  ?

Conclusion

Chefs d’entreprise, impossible de n’avoir jamais entendu de la dématérialisation des factures et des enjeux qui vont avec ! Vous avez maintenant toutes les cartes en main pour transformer cette obligation réglementaire en boost de croissance pour votre entreprise. Et si vous ne deviez retenir qu’une seule chose de cet article : le meilleur logiciel de facturation électronique n’est pas forcément le plus cher ou le plus sophistiqué. C’est celui qui s’adaptera naturellement à vos processus existants et qui grandira avec votre activité !

Questions fréquentes sur la facturation électronique (FAQ)

Est-ce légal de faire ses factures sur Excel ?

Oui, c’est toujours légal de faire vos factures sur Excel, à condition d’inclure toutes les mentions obligatoires. Mais attention : dès septembre 2026 ou 2027, cela ne suffira plus ! Vous devrez obligatoirement utiliser un logiciel de facturation électronique qui génèrera des factures au format structuré (Factur-X, UBL ou CII).

Quel est le calendrier de la réforme ?

1er septembre 2026 : toutes les entreprises doivent être capables de recevoir des factures électroniques. Les grandes entreprises et ETI doivent à présent émettre leurs factures électroniquement.
1er septembre 2027 : les PME doivent à leur tour émettre des factures électroniques uniquement.

Quel est le prix d’un logiciel de facturation électronique ?

Vous pouvez tout à fait utiliser un logiciel de facturation électronique gratuit si vos besoins sont réduits. Pour les outils payants, les prix débutent aux alentours des 30 € par mois.

Quels sont les différents formats d’une facture électronique ?

Il y a 3 formats officiellement reconnus en France :
Factur-X : c’est un PDF classique enrichi de données lisibles par les machines. 
UBL : c’est un format international utilisé essentiellement pour les échanges européens sur le réseau PEPPOL.
UN/CEFACT CII : c’est un format universel pour les transactions commerciales complexes à l’international.

Quelle est la durée de conservation d’une facture électronique ?

Vous devez garder vos factures émises ET reçues pendant 10 ans minimum à partir de la clôture de votre exercice comptable. 

Quel est le meilleur logiciel pour un auto-entrepreneur ?

Il n’y a pas de réponse universel ou un outil meilleur parmi tous les autres. Le meilleur logiciel de facturation électronique sera celui qui : 
– Sera adapté à votre métier ou branche d’activité
– Vous fera gagner du temps et donc de l’argent
– Garantira la conformité de chaque document

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